Die EKS wurde 2020 gegründet. Vorgängerorganisationen waren der Schweizerische Evangelische Kirchenbund SEK von 1920, die evangelische Tagsatzung und die 1858 entstandene Schweizerische reformierte Kirchenkonferenz.
Die Evangelisch-reformierte Kirche Schweiz nimmt die gemeinsamen Interessen ihrer Kirchen wahr und vertritt sie auf nationaler und internationaler Ebene. Politisch ist die EKS als Vertreterin des Schweizer Protestantismus unter anderem Gesprächspartnerin der Bundesbehörden. Die EKS nimmt politisch Stellung und äussert sich in eigenen Publikationen zu theologischen und ethischen Gegenwartsfragen.
Auf religiöser Ebene vertritt sie ihre Kirchen in der Weltgemeinschaft Reformierter Kirchen WGRK, in der Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa GEKE, in der Konferenz Europäischer Kirchen KEK und im Ökumenischen Rat der Kirchen ÖRK. Die EKS pflegt Beziehungen zu den Partnerkirchen im In- und Ausland, zur jüdischen und islamischen Gemeinschaft, zur Bischofskonferenz sowie zu den Hilfswerken und Missionsorganisationen.
Im Bild der Rat EKS (v.l.): Catherine Berger, Ruth Pfister, Pierre-Philippe Blaser, Rita Famos (Präsidentin), Philippe Kneubühler, Lilian Bachmann, Claudia Haslebacher
